20世紀90年代初，香江怒海，一代梟雄倪永孝（吳鎮宇 飾）雄霸黑道，風頭無兩。以此為契機，青春年少的警校學生陳永仁（余文樂 飾）肩負機密使命潛入黑道，從此開始了他無法回頭的黑暗人生。與此同時，精明狡猾的黑道頭目韓琛（曾誌偉 飾）密令弟子劉建明（陳冠希 飾）考入警校，成為他日後縱橫江湖最重要的一枚棋子。轉眼十年，風雲變幻。韓琛早已成為新千年的黑道霸主。一起毒品交易的攻防戰，令他和黃督察（黃秋生 飾）都敏銳地察覺到「內鬼」的存在。

在此之後，劉建明（劉德華 飾）與陳永仁（梁朝偉 飾）展開連番緊張危險的臥底角鬥。經歷無數腥風血雨，在無間地獄求生、痛苦片刻不停的二人不僅面臨最終對決，還將用畢生品味命運所施加的苦果……